高分辨率人类基因组遗传变异图谱绘成

开始神话

由中、美、英等多个国家共同发起的大型国际合作项目“千人基因组计划”协作组日前公布了高分辨率的人类基因组遗传变异整合图谱，将为基因组学在人类疾病与健康领域中的应用及个体化医疗奠定坚实的科学基础。最新研究成果在《自然》（《Nature》）上在线发表。             “千人基因组计划”是2008年初，由我国深圳华大基因研究院、英国桑格研究所以及美国国立人类基因组研究所等共同启动的一项大规模测序计划。科学家拟对全球各地至少2500个人类个体的基因组进行测序，绘制最详尽的人类基因多态性图谱，寻找基因与人类疾病之间的关系。结合这些测序信息，将形成一个更加精细、公开的人类基因组变异数据库，从而为人类疾病研究提供科研基础。             协作组已于2010年完成计划第一阶段的任务，对于人群携带5%以上的基因变异，绘制出了覆盖度95%的基因多态性图谱，建立的千人基因组数据库已经广泛应用于各种遗传性疾病和癌症基因组等研究。但是对于基因编码区以外富集潜在功能变异的低频突变，则很少进行阐释。             在最新的研究中，协作组对来自欧洲、东亚、非洲和美洲14个种族的1092个个体进行了研究，并结合全基因组测序、外显子目标序列捕获和SNP分型等技术构建了变异图谱，通过开发新的方法对多种不同算法和不同来源的数据进行整合，最终成功绘制出了高分辨率和高精度的单体型图谱，其中包括3800万个单核苷酸变异位点，140万个插入/缺失位点以及超过1.4万个大片段缺失，数据资源涵盖了不同种族人群基因组中携带1%以上的突变，其中覆盖度达98%以上。这些更加详尽和精确的研究结果，以及在不同种族个体中发现的与功能相关的罕见、低频以及常见变异信息，将会进一步促进千人基因组数据库的利用。             华大基因在本次研究中，主要承担了全部中国人（包括北京汉族人和南方汉族人）的样本收集、8个种族272个个体的全基因组测序、11个种族375个个体的外显子测序以及数据分析中关于插入/缺失和结构变异的检测和分析。华大基因该项目负责人郭小森表示：“这项工作完成了一个更高分辨率的人类基因变异图谱，尤其是其中涵盖了低频突变位点。这将有助于全球科研人员更深入地去探索人类遗传性疾病中表型和基因型之间的联系。”

luckiss

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