CRISPR系统对于原核生物免疫系统对抗入侵元素发挥关键的作用,也被设计成促进真核生物基因组的靶向基因编辑。近期,来自中科院深圳先进技术研究院、湖北工业大学和吉林大学等处的研究人员,在《Scientific Reports》发表一项研究,提出了一种精确的从头CRISPR注释程序——CRISPRdigger,可以将一部分组装的基因组作为其输入。
这项研究的通讯作者是吉林大学计算机科学与技术学院的周丰丰教授,其2000年本科毕业于中国科学技术大学少年班,2005年在中国科学技术大学计算机学院获博士学位,是吉林大学“唐敖庆”教授,博士生导师,中国科学院百人计划,IEEE(美国电气和电子工程师协会)高级会员,主要从事健康大数据挖掘核心算法的研究。
CRISPRs是原核生物基因组中的重要遗传因素,可从外来元素(如噬菌体)积极获取模板序列,用于随后的序列特异性切割。这些外来模板序列的长度 从24到48 bp不等,其中穿插分布着保守的重复序列。一种CRISPR通常是由结合在其密切侧翼区上的前导区的一个相邻CRISPR相关(Cas)基 因转录的。在超过40%的已测序的原核基因组中,CRISPR / CAS系统充当一种反入侵的免疫机制。
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