11月29日 Nature 杂志生物学精选

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11月29日 Nature 杂志生物学精选：处于激发态的RNA结构；膜蛋白CXCR1的结构被确定；MAIT细胞所扮演的免疫监测角色；小麦和大麦的基因组测序；海底玄武岩的起源；细菌柠檬酸的运输方式。

处于激发态的RNA结构


RNA的序列和结构很早就被认为对其生物作用很重要。最近，构形动态又被发现是RNA功能的另一个强大的调控因素。Hashim Al-Hashimi及其同事开发出一个基于核磁共振的方法，它能捕捉到RNA中以前无法接触到的、高度瞬时性的、数量较少的“激发态”。产生这些状态的碱基对的局部化重排，被发现通过改变某一特定的生物过程所需的残基的暴露情况来影响功能。这些激发态可根据细胞环境情况被差异化地加以稳定。[查看论文]


膜蛋白CXCR1的结构被确定


“G-蛋白耦合受体”(GPCRs)是普遍存在的膜蛋白，传导来自细胞外面的化学信号，它们当中很多还是药物作用目标。现在，Sang Ho Park等人提出了研究磷脂双层中膜蛋白的一个新的核磁共振光谱方法，并用它来确定人CXCR1的结构。CXCR1是针对“白介素-8”（免疫和炎症反应的一个主要调控因子）的一个高亲和力GPCR。[查看论文]


MAIT细胞所扮演的免疫监测角色


虽然“粘膜相关不变T-细胞”（MAIT细胞）占人类T-细胞数量的近10%，但我们对它们生理和病理作用的了解之少却令人吃惊。这主要是因为，抗原的身份是被MAIT细胞以一种受限于MR1的方式识别的。这项研究报告了“MHC-样分子”MR1在与“维生素B9-样蛋白” pterin所形成的复合物中的结构。细菌维生素-B衍生物被发现激发MAIT细胞，说明针对MAIT细胞的抗原是微生物的维生素代谢物，这些细胞的生理作用是检测微生物感染。[查看论文]


小麦和大麦的基因组测序


两个小组在本期Nature上报告了对主要粮食作物小麦和大麦的基因组序列所做的编排和分析，为今后的作物改良提供了重要资源。小麦占人类所消耗热量的1/5。它有一个非常大、非常复杂的17 Gb的六倍体基因组。Michael Bevan及其同事采用“454焦磷酸测序”方法对其基因组进行了分析，并将其与二倍体祖先和先祖基因组进行了对比。他们发现多倍体化和驯化使基因家族成员有显著损失，也发现了可能与作物生产力相关的基因类别的扩大。大麦是最早被驯化的农作物之一。虽然是二倍体的，但它也有一个非常大的、5.1 Gb的基因组。Nils Stein及其同事介绍了固定在一个高分辨率基因图(genetic map)上的一个物理图(physical map)，在其上，他们叠加了一个深度“全基因组鸟枪组合”，即cDNA 和 RNA-seq数据，从而提供了对大麦基因组所做的首次全基因组深度调查结果。[查看论文]


海底玄武岩的起源


产生海底玄武岩的岩浆传统上被认为是通过简单“分离结晶”形成的。但Hugh O’Neill 和 Frances Jenner发现，海底玄武岩中痕量元素的全球分布却给出了一个无法仅用简单“分离结晶”来解释的系统化模式。他们发现，痕量元素被在全球不同深度处的所有岩浆库中所发生的岩浆循环重新分配，同时也受母岩浆组成的影响。[查看论文]


细菌柠檬酸的运输方式


柠檬酸是一种重要代谢物，充当脂肪酸、三酸甘油酯、胆固醇和低密度脂蛋白的生物合成的起始材料。细胞质中的柠檬酸浓度部分依赖于经由依赖于Na+的柠檬酸运输因子（二价阴离子/Na+共运输因子家族的一个成员）穿过质膜的直接输入。在这篇论文中，作者报告了对依赖于Na+的一个细菌柠檬酸运输因子的X-射线晶体结构及运输活性所做的研究。这些结构和生化研究揭示了特定构形变化是怎样促进穿过细胞膜的机制转位的。

life5

这个很不错，海底玄武岩的起源  这个还没有看过